厄尔尼诺现象所产生的异常天气，会直接影响到农作物的产量，因而当年的农产品供应量会减小，农产品价格攀升。在众多的农产品中，热带作物首当其冲地将受到冲击。

　　历史经验显示，受影响最明显的是咖啡、可可豆等农产品的价格。标普商品指数显示，软商品(如糖、棉花、橡胶、咖啡等)价格已较年初上涨20%，明显强于其他商品，而部分农作物如咖啡价格已上涨60%以上。

　　瑞银证券认为，1997年强厄尔尼诺发生时，全球咖啡价格在1997-1998年上涨了200%；即使在2009年小型厄尔尼诺发生时，咖啡价格在2009-2010年上涨了近100%。同样属热带作物的可可豆，产量基本集中在非洲(西非如加纳、尼日利亚、喀麦隆等)和南美地区(巴西等)。国际可可组织预计，厄尔尼诺将使全球可可豆平均减产2.4%。可可豆价格年初至今已上涨了30%，达到两年来的高点。根据历史经验来推测，若今夏天气继续恶化，将进一步推高可可豆价格20%-50%。

　　其他亚热带作物受影响也较明显，如棕榈油、橡胶和糖(甘蔗)等。棕榈油的产地主要集中在东南亚，以马来西亚和印尼为主，而甘蔗集中于亚热带地区(巴西、印度和中国的广西、广东等)。从目前情况看，东南亚降雨有所减少，尚还未受到厄尔尼诺明显影响，但未来三个月内厄尔尼诺或成为推高东南亚农产品价格的重要因素。

　　小麦、玉米等粮食亦是受影响显著的农产品。特别是小麦，相关研究表明，在最近的五次厄尔尼诺期间，芝加哥期货交易所(CBOT)小麦价格平均上涨10%。而在2002年厄尔尼诺发生期间，CBOT小麦价格上涨幅度居然高达26%。宏源证券的研究显示，2009年的厄尔尼诺曾导致世界第二大小麦生产国印度的季风失衡，造成印度四十年来最严重的旱灾。而对于世界第二大粮食出口国澳大利亚，厄尔尼诺通常会导致其粮食主产区降雨量低于平均水平。自1970年以来，厄尔尼诺都会令当地的小麦产量低于平均产量。在最糟糕的情况下，澳大利亚的小麦产量猛降15%。

　　当然，也有在厄尔尼诺来临期间不涨反跌的商品，大豆就是其中的一个。从CBOT大豆的历史价格走势看，在1997-1998年那次较严重的厄尔尼诺期间，大豆价格反而下跌了4%。这是因为，美国的大豆产量约占全球的36%，厄尔尼诺往往会给美国粮食产区带来较丰沛的降雨，反而在一定程度上有利于大豆的生长，因此厄尔尼诺实际上有利于提高大豆产量。